Va néixer durant la convocatòria de les Corts Catalanes per part del rei Pere el Cerimoniós i Berenguer de Cruïlles en va ser el primer president.
La celebració aquest 2009 del 650è aniversari del naixement de la Generalitat s'ha iniciat amb alguns actes, com el tret de sortida de la commemoració que va tenir lloc el 29 de maig a la Paeria de Cervera, la ciutat on es va crear la institució referencial de l'autogovern català el 19 de desembre de 1359. Per la mateixa data d'aquest any, el govern prepara un acte institucional al Saló Sant Jordi i el 22 de desembre l'executiu es reunirà a Cervera, on s'inaugurarà una exposició commemorativa, mentre que a la tardor també editarà un llibre: 650 anys, 650 imatges, amb pròleg de l'historiador Josep M. Solé i Sabaté. Aquests detalls es van saber després que l'expresident Jordi Pujol lamentés el 14 de juliol passat que el govern no commemorés prou l'efemèride ni l'aprofités per "fer pedagogia i contrarestar el risc que es vagi convertint merament en un òrgan administratiu i perdi el seu contingut emotiu i patriòtic".
Un dels actes celebrats és el que l'Ajuntament rossellonès de Toluges va convocar el 3 de juliol -amb la participació del vicepresident Josep-Lluís Carod-Rovira-, per commemorar també els 350 anys del Tractat dels Pirineus, el 1659. I és que al llarg dels segles, la Generalitat va tenir presidents nord-catalans -com el rossellonès Joan Desgarrigues (1419-1422)- abans que la Catalunya Nord deixés de dependre de la Generalitat, arran del Tractat dels Pirineus.
La creació de la Generalitat de Catalunya data del desembre del 1359 quan, durant les Corts Catalanes convocades a Cervera pel rei Pere III de Catalunya i Aragó, dit el Cerimoniós. Es va crear com un òrgan permanent de les Corts i va nomenar el seu primer president, Berenguer de Cruïlles. Va néixer, doncs, de les antigues Corts Catalanes -formades pels tres estaments de poder de la societat medieval: el braç eclesiàstic, militar i reial-, una assemblea de representació parlamentària que compartia el poder amb el monarca, i va ser un dels primers òrgans d'aquesta mena a Europa.
La Generalitat va anar guanyant pes polític fins que durant el segle XV es va convertir en la principal institució de govern del país, encarregada de vetllar que la monarquia i les autoritats reials respectessin les Constitucions i els altres drets de Catalunya. Consumada la derrota catalana a la Guerra de Successió espanyola, el Decret de Nova Planta del 1716 per al Principat del rei castellà Felip V va abolir la Generalitat i la resta d'institucions catalanes. El Principat va passar a ser governat per un capità general i una Reial Audiència, supeditats al Consell de Castella.
Amb tot, com fa notar l'historiador Solé i Sabaté, en la consciència del poble va perviure "el record i el dret a l'autogovern arrabassat per la força de les armes", expressat en memorials, queixes i reivindicacions del fet català. Unes reivindicacions que des del foralisme o carlisme fins als corrents polítics i socials vuitcentistes -liberalisme, republicanisme, federalisme-, tot passant per la Renaixença, el catalanisme i el nacionalisme explícit del primer terç del segle XX reflectien una "voluntat d'autogovern permanent".
La creació de la Mancomunitat de Catalunya -sota l'impuls del seu president, Enric Prat de la Riba- el 1914, just 200 anys després de la derrota de l'11 de setembre de 1714, va suposar un primer pas en la recuperació de l'autogovern, que assoliria el 1931 Francesc Macià, amb el restabliment de la Generalitat després de l'esclatant triomf electoral d'ERC.
La dictadura franquista posterior a la Guerra Civil espanyola va abolir l'Estatut i la Generalitat i va arribar a afusellar el seu president, Lluís Companys, l'any 1940. A l'emblemàtic Palau de la plaça de Sant Jaume s'hi instal·laria llavors, un cop més, la Diputació de Barcelona.
Ja en l'actual període democràtic, la Generalitat es va restablir provisionalment el 29 de setembre de 1977, amb el retorn del president Josep Tarradellas de l'exili. Amb la promulgació de l'Estatut de 1979 i els primers comicis al Parlament el 20 de març de 1980, la Generalitat va tornar a quedar constituïda, sota la presidència de Jordi Pujol.